1911年“三·二九”起义失败后，广州城腥风血雨，由于朱执信在“三·二九”起义中已经暴露了身份，无法在广州继续活动，只得常驻香港同盟会南方支部机关。
　　1911年10月10日，湖北新军中的革命党人在武昌举旗起义，迅速占领武昌城。武昌的枪声一响，全国各地的革命党人，纷纷起来响应。朱执信等考虑到当时广东的具体形势，决定加紧策划在广州乃至广东举行各地武装起义，推翻清朝的广东政权。但是，由于新军及巡防营等部队这时受到清朝官吏的严格控制，广州一时还无法动作。这样，起义的希望只能寄托于民军。同盟会南方支部的几位负责人经过商议，决定发动广州附近各县由会党、绿林及一些反正的清军组成的民军，就地起义，并尽快向广州进军。
　　10月底，胡汉民从南洋赶回香港，同盟会南方支部遵照孙中山的方案，经充分研究后确定：以朱执信已经开展的工作为基础，由朱执信、胡汉民负责广州起义。与此同时，陈炯明、邓铿、王和顺率领的民军——“循军”和“惠军”，在东江起义，很快便逼近惠州。西江、北江、潮梅、钦廉等地区的民军，亦在革命党人的策动下，纷纷举行声势浩大的武装起义。
　　面对着汹涌澎湃的革命浪潮，能够左右广东政局的士绅巨贾，感到广东“易帜”已经不可避免了。于是，以江孔殷为代表的广东上层人物，开始策划“和平独立”运动。
　　广东各地民军的兴起，广州又被民军包围等现实，迫使掌握广东军事实权的广东水师提督李准、陆军统制龙济光，不得不考虑自己的前途。两广总督张鸣岐眼见大势已去，只得于1911年11月8日承认以江孔殷为代表的士绅巨贾的“和平独立”运动。11月9日，广东正式宣告“独立”。对这一段历史最为清楚的胡汉民在《朱执信的人格和学问》一文中赞扬说：“当时的独立，全由先生计划运动驾驭，然后方得成功。”
　　以朱执信为代表的革命党人，依靠民军，控制了广东各处的军事要地，包围了广州，进而迫使广东“兵不血刃”地“独立”，反映了被革命洪流所发动起来的人民群众的力量，但对于依靠民军，依靠农民，继续坚持武装斗争，他的认识也不是很明确的。朱执信出于节省经费的考虑，同意陈炯明的意见，与他一起去遣散民军。
　　当那些和他们一起扼杀民军的将领投靠袁世凯以后，朱执信才不得不重新去各地寻找和组织已被遣散了的民军，重新组织武装起义来反抗，为此付出了沉重的代价。