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目的分析2005-2008年福建乙脑病毒毒株的部分基因组序列，探索乙脑病毒临床分离株的变异和进化。方法临床标本（血清或脑脊液）接种BHK-21细胞，分离乙脑病毒，从培养液上清提取病毒RNA，RT-PCR扩增病毒基因组片段，并进行克隆、测序以及序列分析。结果共分离到5株乙脑病毒。对病毒C／prM区240bp和全长E基因的序列分析表明，近几年的这些临床分离株基因型仍然全部属于G3型。种系发生分析结果显示，新分离株与2002、2003年分离株存在较大同源性。虽然病毒E基因存在少量氨基酸改变，但总体上这些变异不足