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昌吉回族自治州正处于推进经济转型升级的攻坚期，发展战略性新兴产业意义重大。当前昌吉回族自治州发展战略性新兴产业有了一定的基础，但面临不少制度障碍。立足昌吉回族自治州主导行业的现实基础和转型升级的发展方向，昌吉回族自治州今后应重点培育和发展五大战略性新兴产业。促进昌吉回族自治州战略性新兴产业健康发展，需要从机制上进行创新，应着重在科技体制机制、人才建设、投资发展软环境、投融资机制、政府支持机制等方面进行机制创新。