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利用SSR分子标记构建了2009--2010年黄河流域23个主要棉花品种和2010年山东省区试4个品系的分子指纹图谱并进行遗传多样性分析。63对引物在27份供试材料中共扩增到多态性条带254荼，平均每对引物4．03条。22对引物在23个品种（系）上具有特征谱带，除鲁棉研21号、鲁棉研36号、鲁436、邯棉559外，均可用1对引物进行鉴定；采用引物组合法只需要5对引物就能将27份供试材料区分开，并利用这5对引物构建了上述品种（系）的数字指纹图谱。遗传多样性分析显示，27个品种（系）间遗传相似系数介于0．53