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大科学工程是承建单位向国家部委申报立项，由国家部委批复并进行财政拨款建设的一项综合性科学装置工程，其中基建基本建设及大型设备建设安装是大科学工程项目重要的两个步骤，两者在建设过程中看似毫不相关，但实施过程中在决策、协调管理中还存在很多需要提前考虑或者需要解决的问题，本文对建设过程中存在的协调问题进行了分析，根据实际解决经验提出了相应的办法及建议，以期为对其他高等院校承建类似工程提供参考及帮助。