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利用模糊综合评判模型与层次分析法（AHP）相结合的数理分析方法对农业科研院所绩效评价体系进行实证分析。运用AHP方法建立了多层次的因子综合评价指标体系，构建了覆盖6个方面5个层次包含95个具体指标的农业研究所评价量表，通过模糊综合评判模型对研究所多个绩效指标量化赋分求解，得到农业研究所绩效评价考核排序量表。结果表明：模糊综合评判模型与层次分析法（AHP）相结合的数理分析方法对于农业科研单位绩效量化考核应用，提供了一套科学的考核与评价手段，可以为同类科研单位科学管理提供借鉴和参考。