【摘 要】
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模体发现在揭示基因组水平上的基因表达调控规律以及在蛋白质序列中定位保守结构域中起着重要作用。本文提出一种在生物序列中识别Common Motif(公共模体)的算法。算法采用基
【机 构】
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新疆师范大学计算机科学技术学院,新疆师范大学教育科学学院
【基金项目】
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新疆维吾尔自治区自然科学基金(No.2012211A056)
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模体发现在揭示基因组水平上的基因表达调控规律以及在蛋白质序列中定位保守结构域中起着重要作用。本文提出一种在生物序列中识别Common Motif(公共模体)的算法。算法采用基于后缀数组或QSA数组的重复模式识别算法挖掘串中最大重复模式作为基元,对基元进行过滤与剪枝后,根据约束条件对优化后基元进行计算与处理从而得到公共模体。算法与基于后缀树或Trie树的同类算法相比在时间和空间效率上都得到了提高。
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