从商会的存在层面上讲，一个具有真正意义的商会立足点就是保持独立性。但这样错综复杂的政商关系，除了和政府部门管理职能交叉难以界定外，商会尤其是异地商会在合法性等方面，目前还是存在一定的质疑。
　　异地政协委员、人大代表就属于这样的情况。比如，一家温州的企业，又在其他城市投资，因对当地经济发展做出了贡献，政府善待外来投资者，当地会给有影响的商会领袖安排政协委员，或者人大代表的职务。但在温州当地这家企业也是有影响的企业，同样是担任人大代表或者政协委员的职务，出现了一个企业家在两地当政协委员或者人大代表的情况。
　　同时，各地商会通过相互考察、资源共享、会长联谊会等各种方式展开联系，有观察人士指出，这有可能形成一种商业垄断。
　　清华大学NGO 研究所副所长邓国胜指出，异地商会在实际经济生活中容易形成共谋——为了利润最大化，享有更大资源，采用集体定价。对此，中国美国商会会长Charles M. Martin 说，在美国商会可以势力很大，对国会影响很大，钱也多，而且活动多，但不能够形成垄断，这是法律不允许的。
　　有专家指出，商会与政府的管理职能的界定与协调也变得越来越敏感。从历史来看，由于利益立场的差别，商会与政府往往会发生冲突。时至今日这些矛盾还是存在。只要商会与政府的管理职能的界定没有法律化、制度化，冲突就在所难免。
　　目前各商会最关心的事情之一，是希望制定一部《商会法》，将他们的组织以及组织行为，真正纳入法律框架的约束与保护范围之内。但是从目前的情况来看，出台《商会法》还不现实。民政部民间组织管理局一位官员说：“因为整个社团都没有法，而行业协会只是其中的一部分。”
　　不可否认的事实是，商会的一些潜规则正在慢慢形成，目前这个问题又完全靠的是政府与商会之间的一种默契。如果能够从制度上、合法性上为商会理清发展思路，那么这个民间组织就能够在政府与市场之间，取得更好的发展。