了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的基因组流行病学特征。
方法采用二代测序技术(NGS)对2002—2013年杭州地区分离的60株甲型副伤寒沙门菌代表株进行测序并下载公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌基因组数据。以ATCC9150基因组为参考序列，鉴定所有基因组的单核苷酸多态性(SNP)位点并去除重组，构建基于SNP位点的系统发育树。用SRST2和多位点序列分型(MLST)工具扫描获得MLST型别，用SISTR扫描获得核心基因组多位点序列分型(cgMLST)型别，用SRST2和BLASTN扫描获得耐药基因。选择7种抗生素对60株杭州菌株进行药物敏感试验。
结果451株甲型副伤寒沙门菌基因组序列去重组后共鉴定得到19 258个SNP位点，菌株平均距离为0.007 0，距离小于0.05的占96.73%，提示451株甲型副伤寒沙门菌基因组差异较小。58株杭州ST85型分离株基因组序列高度相似，提示2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起。杭州菌株与5株国内5省菌株遗传距离较远(平均距离为0.057)，与15株云南菌株距离较近(平均距离为0.003 2)，与柬埔寨菌株的距离最近(平均距离为0.001 8)，提示ST85型菌株存在跨国传播的可能性。2株杭州ST129型分离株中，HZ333与分离自江苏的两株菌近源(平均距离为0.009 7)，提示ST129型部分菌株存在国内传播的可能性。60株杭州菌株除2株未分型外，其余58株菌被分为9个cgMLST型别；公共数据库中391株菌除57株未分型外，其余334株菌被分为165个cgMLST型别。60株杭州菌株均携带耐药基因，其中56株菌携带aac6-Iy耐药基因，4株菌携带aac6-Iaa耐药基因；公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌除了13株菌未携带耐药基因，其他378株菌均携带aac6-Iy耐药基因。60株杭州菌株中56株菌对7种抗生素均敏感；3株菌对复方新诺明耐药；1株菌对氨苄西林、四环素耐药。
结论2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起，该型菌株存在跨国传播的可能性；ST129型部分菌株存在国内传播的可能性。SNP位点分析技术分辨力高于脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术，能够帮助我们更为精准的对疫情进行溯源。aac6-Iy是全球范围内甲型副伤寒沙门菌普遍携带的一种耐药基因。二代测序技术在传染病防控中有着良好的应用前景。