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基于Xilinx Virtex-Ⅱ系列FPGA控制逻辑块（CLB）矩阵特点以及每一个控制逻辑块能实现任何2输入1输出的逻辑功能的特点，提出了一种基于基因表达式程序设计的电路优化算法。在该算法中染色体由按线性方式连接的逻辑单元矩阵组成，采用的遗传操作包括变异和杂交，并利用真值表进行适应度评估。实验证明，所得到的电路结构优于传统方法。