【摘 要】
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将传统分群分析法(bulk segregant analysis,BSA)与全基因组特异性位点扩增片段测序手段(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)深度整合的SLAF-seq BSA技
【机 构】
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湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室,长沙,410125;湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室,长沙410125;湖南农业大学生物科技学院,长沙410128;湖南农业大学生物科技学院,长沙
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将传统分群分析法(bulk segregant analysis,BSA)与全基因组特异性位点扩增片段测序手段(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)深度整合的SLAF-seq BSA技术为快速定位质量性状基因提供了可能.然而,对这一技术的定位准确性程度却少有报道.本研究以水稻(Oryza sativa)黄化转绿基因grc2(green-revertible chlorina,grc2)为对象,分析了SLAF-seq BSA定位结果与传统图位定位结果的差异.首先,通过简化基因组测序获得了在grc2突变体和正常叶色水稻Y58S之间表现出单核苷酸多态性的5302个SLAF标记;然后,利用Y58S/grc2的F2群体中的100个野生型单株和100个突变型单株构建了两个极端混池,再通过自动化计算各SLAF标记在极端混池中的父母本基因型频率,筛选到了符合在0.01水平满足父本(grc2)、母本(Y58S)基因型在野生型混池中为33:66且在突变型混池中为99:1的关联标记共13个,这些标记集中分布在Chr06前臂的0.98～1.21 Mb与1.57～1.99 Mb两个相邻区域.经连锁分析发现,第1区域的关联标记AM1、AM6与grc2基因的遗传距离仅为0.625和0 cM;将关联标记比对至日本晴参考基因组后,发现第1关联区域恰好覆盖了grc2基因的传统定位区间,表明SLAF-seq BSA的定位结果具有参考价值.本研究结果为支撑SLAF-seq BSA能快速关联质量性状基因提供了证据.
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