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根据黄河流域生态和环境状况，对黄河流域进行了生态分区，并阐述了各生态区的特征。在黄河河道湿地研究和黄河水体内顶级物种（鱼类）的调查分析基础上，确定了黄河不同类型生态保护区的生态保护目标：从流域角度而言，黄河上游的主要生态保护目标是植被和水源涵养林；中游应以水土保持为主，主要是恢复和保护植被；下游以保护湿地类型和维持湿地面积为重点，保护生物多样性和重要鸟类资源。黄河水生态系统中的主要保护物种应是珍贵经济鱼类北方铜鱼、河口洄游鱼类刀鱼、鲤鱼等，主要保护的生态区包括库区湿地、河口湿地、河道湿地以及景观娱乐水域等