甲公司于2007年通过拍卖获得了房产一处，但未办理房屋登记，2008年甲公司与乙公司签订房地产转让协议，将甲公司拍卖获得的房产转让给乙公司。后甲公司不配合乙公司办理房屋登记，于是乙公司起诉要求甲公司履行办证义务，法院判决后，随即要求房屋登记部门协助为乙公司办理房屋登记。很多人认为需要先办理甲公司的房屋登记，然后再办理乙公司的房屋转移登记，笔者认为此举不妥。
　　《物权法》出台后，一个最重要的变化就是房屋登记簿取代房产证成为房屋登记效力的证明，房产证只是房屋所有权人一个证明，当和房屋登记簿不一致时，以登记簿记载为准。在法院协助执行的房屋登记过程中，很多时候中间环节的所有权人都已经不存在了（公司破产或者当事人去世），如果要求申请人代为申请，势必要出现给中间环节的所有权人记载登记簿的情形，物权法出台前，登记机构大都是记载于档案，而不给申请人发证，现在《物权法》出台了，如果不记载于登记簿，便不发生效力，记载于登记簿就会出现民事主体不存在，仍然办证的情况。
　　很多人认为逐步办理，省略房屋登记的中间环节，存在帮助申请人偷税漏税的嫌疑，实际上这是多虑。现在都是先税后证的办理模式，在办理房屋登记之前，税票是房屋登记的要件之一，税务部门在收取房屋交易过程中的税种时，也需要对房屋所有权的变化进行审核，并非按房屋登记步骤收税，因此中间环节的税收，并不会因为登记步骤的减少而减少。
　　《物权法》第9条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。第28条规定，因人民法院、仲裁委员会的法律文书或者人民政府的征收决定等，导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书或者人民政府的征收决定等生效时发生效力。可以看出乙公司取得该房产的所有权，依据的是人民法院的生效法律文书，不需要经登记就可以获得，判决生效之日，即是乙公司取得物权之日，只不过乙公司如果需要再对该房产进行处置，必须先进行登记。
　　《关于法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》（法发[2004]5号文件）规定，人民法院在办理案件时需要国土资源、房地产管理部门协助执行的，国土资源、房地产管理部门应当按照人民法院的生效法律文书和协助执行通知书办理协助执行事项。国土资源、房地产管理部门在协助人民法院执行土地使用权、房屋时，不对生效法律文书和协助执行通知书进行实体审查。国土资源、房地产管理部门认为人民法院查封、预查封或者处理土地、房屋权属错误的，可以向人民法院提出审查建议，但不应当停止办理协助执行事项。从中也可以看出来，房屋登记部门只要依据人民法院的判决和协助执行通知书办理登记，在登记簿记载来源为法院判决即可，不需要对判决内容进行审核。
　　该通知还规定对被执行人因继承、判决或者强制执行取得，但尚未办理过户登记的土地使用权、房屋的查封，执行法院应当向国土资源、房地产管理部门提交被执行人取得财产所依据的继承证明、生效判决书或者执行裁定书及协助执行通知书，由国土资源、房地产管理部门办理过户登记手续后，办理查封登记。从这条规定也可以看出法院对做出判决和协助执行也是很慎重的，不会随意出具判决和协助执行书。
　　《最高人民法院关于审理房屋登记案件若干问题的规定》第2条规定，房屋登记机构根据人民法院、仲裁委员会的法律文书或者有权机关的协助执行通知书以及人民政府的征收决定办理的房屋登记行为，公民、法人或者其他组织不服提起行政诉讼的，人民法院不予受理。可以看出，房屋登记部门依据生效的法律文书做出的登记，与登记机构的行政行为几乎无关，依据的是司法权做出的决定，当行政权和司法权冲突的时候，司法的最终决定权便发挥效力。因此，登记部门在收到法院的判决和协助执行时，只需要内容不与登记簿发生冲突，按照法院的要求进行登记即可。