警察是否打了杨佳?
　　
　　接受自行车盘查的那个晚上，杨佳究竟有没有受到警察殴打?
　　“如果被害人有过错，致使杨佳受到了不公正的对待，在激愤中不能控制自己。忽视这个环节而只考虑后果，这个案子就非常荒谬了。”刑法专家刘仁文表示。
　　然而事已明日黄花，难于考证。杨佳的父亲杨福生及杨佳的姨妈王静荣认为：一、杨佳在进派出所时就开始与母亲打电话，遭到殴打后也给母亲打过电话。
　　通话时间长达几个小时，手机中的 200元话费全用光了，而且杨佳母亲也知道九个月的投诉情况，是一个十分重要的辩方证人；二、作为知情者的几位民警应当出庭作证。
　　刑诉法第47条规定，“证人证言必须在法庭上经过公诉人、被害人和被告人、辩护人双方讯问、质证，听取各方证人的证言，且经过查实以后，能作为定案的根据”，但在一审中，法院驳回辩护律师谢有明的证人出庭的请求，而二审辩护律师翟建则并未提出上述请求。
　　有学者提出，公安局作为政府机关，应适用举证倒置原则——公务员没有提出充分理由证明自己“无辜”的话，将受到处罚。
　　上海市中级人民法院第二分院一审认定，“辩护人提出，不能排除公安人员在盘查杨佳时，对杨实施殴打的意见，(但)没有证据支持。”
　　
　　杨佳的精神病司法鉴定是否成立?
　　
　　7月5日下午3时，上海司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心的4名专家赶到看守所对杨佳进行鉴定。由于鉴定中心“特事特办”，原本需要30天才能出具的鉴定报告，次日便公开于众杨佳没有精神病。
　　但在法律界人士眼中，这个鉴定程序存在一些问题——“它的鉴定时间太短，不符合司法精神病鉴定的常规程序，正常情况下最少是一个月的周期，因为它需要长期观察，观察这个人的精神表现，看这个人的精神状态有没有波动，还要搜集这个人的生活史、家族史。”律师熊烈锁表示。
　　10月13日，杨佳案二审法庭上，控辩双方花了长达两三个小时就“杨佳在本案中是否具有完全刑事责任能力”以及“一审判决中所采信的司法鉴定中心出具鉴定结论是否有效”进行质证答辩。
　　杨佳的另一名二审辩护律师吉剑青询问了杨佳接受司法鉴定的过程，并发问 2006年杨佳在山西与车站派出所民警发生纠纷的情况。
　　杨佳曾在山西受过殴打导致轻微脑震荡的颅外伤——颅外伤有可能导致精神出问题。“专家证人并不知道这段经历，当时被问得有些尴尬。”一位媒体人士称。
　　但法院认为辩护人申请对杨佳重新进行精神病司法医学鉴定的理由不充分，将请求当庭驳回。辩护律师翟建认为这个结果“有些仓促和草率”。
　　“在美国至少有一半以上的精神病鉴定，专家证人会被法官难倒，它在我们国家很少出事。”刑法专家刘仁文认为，“我们的法官一来没有这个意识，二个没有专业知识，三是缺少质证专家的方法。”
　　刘仁文表示，这也从另一方面凸显子中国的法律困境：“在我们国家走两个极端，一旦鉴定没有精神病立即执行死刑，一旦有精神病就无罪释放。没有一个特殊机构去让他们坐牢。但在美国，刺杀里根总统的精神病患者至今还在医院里关着。”
　　
　　杨佳的母亲在哪里?
　　
　　杨佳终审被宣判死刑的那天，他的母亲王静梅仍未出庭。这是她离开公众视野的第109天。
　　因为杨佳和王静梅母子相依为命，王静梅很可能是杨佳袭警动机的唯一知情人。王年轻时容貌出众、性格开朗，曾经在劳动人民文化宫当解说员，但遭遇离婚和失业之后，她不顺心的事越来越多，且在 2000年，开始了长达八年的上访。杨佳杀人那天下午，警察把她带到了北京市大屯派出所，要求她协助调查。从此以后，她再也不见踪影。
　　7月13日和14日，杨母的姐姐王静荣到北京市大屯派出所反复打听妹妹的下落，对方的回答是：调查结束后，她已于 7月4日自行离开。“好几家媒体在那里蹲点儿，她总不能飞出来!”杨佳的父亲杨福生并不信任这个解释。
　　王静荣跑遍了姐姐可能出现的地方，始终寻之不得。7月17日，她到北京市大屯派出所报了案。两天后，上海律师谢有明出示的委托协议表明，在王静荣报案的当天，谢有明在北京找到了王静梅，并且接受她的签字委托，成为杨佳一审的辩护律师。
　　7月下旬，16位北京律师联名致信司法部、上海市司法局、中华全国律师协会和上海市律师协会，请求对谢有明律师的“违法违纪行为”进行紧急调查处理：“这些迹象表明，谢律师与‘控制’杨佳母亲的人，有某种默契和配合关系。”
　　之后两个月，没有王静梅的任何消息，谢有明也没有站出来。时至今日，他也不愿意透露杨母的消息。他一再重申，“杨佳的母亲是经过慎重考虑以后，自愿签字的。”
　　而作为杨佳聘请的二审辩护律师，翟建一字一顿地说：杨母失踪“极不正常”。
　　翟建说，杨佳已经知道母亲失踪的事情了，“我第二次见他的时候，他说高院的人已经告诉他，他妈妈找不到了。”
　　“他的表情是种没有态度的态度”。