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当前我国重要生态功能区重要生态服务功能退化严重，这不仅对区域的生态安全带来威胁，也成为制约我国生态文明社会建设的瓶颈因素。廓清生态功能区的基本范畴，挖掘我国生态功能区政府治理的瓶颈因素，加强重要生态功能区的政府治理，实现科学的、持续的重要生态功能区的公共管理势在必行。结合国际日益强调对完整生态系统和重要生态功能区域全方位保护的迫切需求，梳理我国重要生态功能区的政府治理状况，努力查找现有生态功能区政府治理的理论与实践问题，提出加强生态功能区政府治理的新思路。