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是否应将遗传因素归入卒中风险，或者说遗传因素在不同卒中亚型的发病中是否存在差异，尚不明确。基因组复合体特性分析能够从基因组相关性研究（GWAS）获得数据进行遗传性评估。之前候选基因研究已确定很多和卒中相关的位点，但需要大量独立研究重复试验验证。GWAS数据库为进行重复研究提供了强大资源。伦敦大学SteveBevan博七等研究发现：缺血性脑卒中存在明显遗传性，但是这种遗传性因不同的卒中亚型而不同。