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为研究蛋白质二级结构预测时采用哪种氨基酸编码方式具有更好的预测精度，使用正交编码、5位编码、Codon编码（2种）和Profile编码等5种不同的氨基酸编码方式，并用SVM（支持向量机）进行蛋白质二级结构预测．实验结果表明，经过多重序列比对，包含更多生物进化信息的Profile编码方式的预测精度比起其他4种编码方式高出19．4％-23．9％．