将影响农民工市民化的制度因素归结为城乡分割、城市偏向的城乡二元制度,分析了这一制度的内涵和基本特征,并运用Logistic回归模型和入户调查数据对这一制度对农民工市民化意愿、市民化能力和市民化进程的影响进行实证分析,结果发现,虽然农民工具有比较强烈的市民化愿望,但由于受到市民化能力的制约,绝大多数农民工无法转化为市民,因此尽快提高农民工的市民化能力成为促进农民工市民化的关键;在城乡二元制度中,除了城乡二元户籍制度之外,城乡二元就业制度、城乡二元社会保障制度、城乡二元土地制度和城乡二元教育制度对农民工市民化意愿和市民化能力,进而对农民工的市民化进程具有明显的阻碍作用:因此,未来城乡二元制度的创新重点不能再继续停留在形式化的城乡二元户籍制度层面,而应该尽快切换到对农民工的预期和收入等权利和待遇具有实质性影响的城乡二元就业制度、城乡二元社会保障制度、城乡二元土地制度和城乡二元教育制度上来。