基于GEO数据库的胃肠上皮化生相关基因与通路的生物信息学分析

来源 :肿瘤防治研究 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xushihuinuaa

【摘要】

：

目的挖掘胃黏膜肠化过程中的差异基因、探索其发病机制并验证差异基因是否在胃癌发生过程中持续发挥作用。方法在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的GEO数据库中检索正常胃黏膜

【作者】

：

宋尚晋顾尤王怡超岳小强

【机构】

：

海军军医大学附属长征医院中医科,上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院针灸科,上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院脊柱科

【出处】

：

肿瘤防治研究

【发表日期】

：

2018年10期

【关键词】

：

肠上皮化生胃肿瘤生物信息学基因芯片

【基金项目】

：

国家自然科学基金(81603434);上海市科委项目(15401900600);上海市卫计委项目(zybz-2017029)

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目的挖掘胃黏膜肠化过程中的差异基因、探索其发病机制并验证差异基因是否在胃癌发生过程中持续发挥作用。方法在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的GEO数据库中检索正常胃黏膜肠化表达谱芯片,并通过GEO2R分析得到差异基因,以及在不同芯片数据中均差异表达的关键基因。将差异基因利用生物学信息注释数据库DAVID进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析,探索正常胃组织向肠化转变的相关生物学通路。并通过TCGA数据库分析关键基因在胃癌组织中的差异变化,通过KM plotter分析关键基因与胃癌患者预后的关系

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