从“疾病-证候-症状”关联网络切入，探索类风湿关节炎（RA）中医证候的生物学内涵。临床收集湿热痹阻证、痰瘀痹阻证、气血不足证和肝肾亏虚证RA患者各3例，以健康志愿者3人为对照组，通过转录组表达谱检测及生物信息挖掘，筛选4种核心证候的差异表达基因集。进一步，整合数据库中临床症状的相关基因集，构建4种RA核心证候的相互作用网络，筛选证候关键网络靶标基因并挖掘其生物功能。结果发现无论归属于实证还是虚证的证候关键网络靶标基因均参与了机体的“免疫-炎症”反应、运动行为调节和血液调节过程等，从微观表征方面体现了不同证候具有相同病理特征的特点。从显著相关症状、富集作用通路和GO功能等3个层面发现不同病因病机的证候表现出不同的侧重点，湿热痹阻证组还显著富集于代谢相关通路、热反应和疼痛感觉相关功能，与其“热”的病性证素相关；痰瘀痹阻证组还显著富集于神经系统调节相关通路、感觉知觉相关生物功能和代谢尤其是脂质代谢相关通路，这一定程度上与其“痰浊流注关节”“不通则痛”导致痛感剧烈等痰浊瘀滞的病理特点相符。前述2个同属实证证候所富集到的代谢相关通路最为相似。气血不足证关键网络靶标基因主要参与“免疫-炎症”反应和多种心血管系统调节反应，气血阴阳虚导致的免疫系统功能减弱、神疲倦怠（神经系统功能减弱）和血供不足（“不荣则痛”）等紧密相关。肝肾亏虚证在分析时受到更加明显的病位筛选影响，其关键网络靶标基因最显著富集于“免疫-炎症”相关通路和激素调节相关通路。气血不足证和肝肾亏虚证组共同主导的作用通路数量最多，提示两者作用机制相似度极高。综上，4种RA核心证候的生物内涵之间既有区别又有联系，与中医临床对RA病因病机辨证的理论阐释相契合。该研究从“病-证-症”关联网络视角归纳和总结了RA证候的客观本质，为RA证候辨证生物标志物的进一步发现奠定理论基础。