大叶黄精转录组中SSR位点信息分析

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以大叶黄精转录组所获得的51 704条Unigene为试材,采用MISA软件检索出大叶黄精的SSR位点,并利用Primer 3软件对检索到的SSR基序进行引物设计,以期探究大叶黄精的SSR特征。结果显示:大叶黄精转录组中检索出25 384个SSR位点,其发生频率为49.09%。单核苷酸和二核苷酸重复是大叶黄精SSR的主要基序类型,且A/T和AG/CT基序的出现频率最高,占大叶黄精SSR总数的66.91%。通过引物设计,最终在大叶黄精转录组中获得13 220对引物。随机选取12对引物进行PCR扩增,扩增成功率高达在67%。因此,认为该研究的转录组数据可靠,且SSR位点类型丰富,为大叶黄精SSR分子标记的开发与应用奠定了基础。
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