目的测定幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)金属蛋白酶(metalloprotease,Mtp)基因mtp编码区核苷酸序列,采用生物信息学方法分析其编码蛋白(Mtp)的结构特征和生物学功能。方法用PCR方法从Hp MEL-Hp27菌株基因组DNA中扩增mtp基因,并通过基因测序获得mtp基因序列,运用生物信息学软件分析其编码的蛋白Mtp的氨基酸序列、理化性质、跨膜区、信号肽、糖基化和磷酸化位点、空间结构以及抗原表位。结果 MEL-Hp27mtp基因编码区长615bp,编码204个氨基酸;生物信息学分析显示mtp基因在不同菌株间的同源性为91%～98%,其编码的Mtp蛋白为一种性质不稳定、偏碱性、亲水蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,含有糖基化和磷酸化位点;二级结构中α螺旋占52.45%,延长链占16.67%,β转角占4.41%,无规则卷曲占26.47%;三级结构分析显示Mtp为球形低分子质量蛋白;该蛋白含有M48蛋白家族特征性结构域、B淋巴细胞和CTL淋巴细胞相关抗原表位。结论 Hp Mtp为小分子碱性亲水性蛋白,定位于胞质或胞核,可能参与细胞信号传递、功能调控和Hp感染免疫及其致病过程。