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本文提出了与多靶点效应有本质区别的中药方剂的整体调节效应即整体效应的观点，认为在目前尚难对中药化学成份进行性味、归经和升降沉浮等准确定位的情况下，方剂的整体效应只能依靠尽可能多地保持其中能被吸收的化学物质来实现，尤其不能忽视其中大量低丰度的成分及微量元素。提出必须充分重视胃肠道作用途径对中药方剂疗效的影响，中药方剂中真正的（药物分子或前体即）效应分子应是存在于消化吸收后进入血液循环前的那些物质之中，认为它们才是中药方剂整体效应的物质基础，并提出了中药方剂的整体效应分子组及整体效应分子组学的概念。