为探索地方辣椒种质间的遗传多样性和亲缘关系，本研究以来自全国的30份地方名优辣椒为研究对象，利用STR分型检测技术，结合果实性状，对地方辣椒种质的遗传多样性进行研究。果实性状变异分析表明30份地方椒资源的6个果实性状的变异系数为40.45%～65.42%，果横径的变异系数最大，变异丰富，果实性状多样性指数为1.50～1.97，单果重、果梗长度和果肉厚的多样性指数较高。聚类分析表明当欧式距离为47.8时，可以将地方椒资源分为5类，各组群性状存在差异，果实性状表现丰富；遗传多样性研究表明15对STR引物共检测到48个等位基因，平均每对引物检测到等位位点3.2个。平均有效等位基因数（Ne）为2.041，平均期望杂合度（He）为0.435，平均观察杂合度（Ho）为0.3666，平均Shannon’s指数（I）为0.759，平均固定指数（Fst）为0.245，平均多态信息含量（PIC）为0.333，说明收集的30份地方椒种质存在丰富的遗传多样性。当遗传相似系数为0.69～0.98，被分成了6个大类，不同区域的同一种辣椒被归为一组，本研究明确了STR技术可以用于鉴别同物异名；不同地理来源种质聚为一类，表明地理隔离并未对辣椒种质的遗传分化产生显著地影响，为进一步研究地方辣椒种质遗传变异、品种鉴别和高品质辣椒育种提供一定参考。