构建自然保护地体系是实现中国生态文明的重要举措，但处在自然保护地体系内部的风景名胜区与自然保护区，当前普遍存在二者在空间上的交叉重叠问题，而且在技术上尚未形成统一、有效的解决方法。通过分析风景名胜区与自然保护区的理论认知、现状技术实践差异，明确资源价值差异是导致交叉重叠问题的根本原因，提出以生态系统服务为统一价值语境与实现服务效率最大化为目标的分析框架，结合生态系统服务权衡与协同关系分类调整交叉冲突区域的技术路线。以山西省级晋祠——天龙山风景名胜区与自然保护区为例，采用生态系统服务价值法评估区域文化服务与支持服务，通过Geoda模型分析两类服务与用地格局之间的相关性以及服务间权衡与协同关系；结合风景名胜区相关规范要求展开风景资源评估、生态敏感性评价与流域单元完整性分析，根据结果初步确定交叉区域的调整意向与分区优化建议，最终结合行政边界、三区三线、退耕还林边界、文物保护边界和矿业开发边界等范围线协调确定风景名胜区边界范围。区划方案以生态系统服务效率最优为目标，解决了既往自然保护地交叉重叠导致的保用冲突问题，可为自然保护地交叉重叠整合优化提供参考。