为探索基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,本研究筛选了10个高多态性EST-SSR位点,对3个南方红豆杉群体进行了遗传变异和父本分析。根据群体间遗传分化系数计算历史基因流,利用父本分析结果估测雄性繁殖贡献率、有效花粉传播距离等现实基因流参数。结果显示:10对EST-SSR引物共检测到80个等位基因,南方红豆杉群体的期望杂合度为0.785,群体间遗传分化系数为0.188,历史基因流为1.080。种群内亲代群体间、子代群体间基因流分别为1.140和0.923,亲子代群体间的固定指数存在显著差异。父本分析结果表明,3个自然授粉群体的雄性繁殖贡献率分别为37.50%、84.00%和18.91%,有效花粉传播距离为10.00～25.00 m,花粉传播无明显固定模式。南方红豆杉群体遗传多样性较高,群体间遗传分化显著。随着繁殖世代的升高,群体间基因流有逐渐降低的趋势。人为干扰、生境片段化和种群隔离等因素是引起基因流变化的主要原因。南方红豆杉保护实践中应注意防范基因流减少引起的遗传结构变化和遗传多样性降低风险。通过对自然授粉状态下南方红豆杉群体历史基因流和现实基因流的比较分析,了解基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,为南方红豆杉(Taxus chinensis var. mairei)种群保护提供科学依据。