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脉冲电场凝胶(PFG)电泳采用两个方向不同的电场,作用于同一凝胶交替电泳,使DNA大分子在凝胶中随着电场方向的转换不断进行重新定向、迁移,并沿两个电场夹角平分线净迁移,使DNA分子按其分子量大小获得了有效分离。PFG电泳能有效分离10Mbp(=10~7bp)大小的DNA片段,较传统凝胶电泳分离的DNA片段大几百倍。与寡位点限制性核酸内切酶相结合,PFG电泳已被用于许多真菌、细菌等简单生物染色体物理图谱的构建及染色体核型分析。