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公立医院的补偿机制是对医疗服务过程中卫生资源的消耗进行弥补、充实的方式和途径，也就是对公立医院经济活动的消耗有补偿作用的各种要素的有机结合。其运转和作用的基本功能，就是保证公立医院在经济活动中的物化劳动和活劳动消耗中得到足额的补偿，以满足公立医院简单再生产和扩大再生产的需要。医疗服务过程中的消耗主要通过财政补助、医疗服务收费和药品差价收入三种途径得到补偿。