基于生物信息学的克罗恩病中炎症相关关键基因的筛选及验证

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目的 应用生物信息学方法筛选并验证炎症相关基因在克罗恩病(CD)中的表达情况。方法 分别从基因表达综合(GEO)数据库和分子特征数据库(Msigdb)下载CD数据集(GSE193677、GSE66407和GSE179285)和炎症反应相关基因(IRGs)。利用GSE193677数据集进行单样本基因集富集分析(ssGSEA),明确CD和健康对照人群中免疫细胞和炎症水平;然后利用DESeq2方法于CD数据集进行基因差异表达分析,以|log2FC|≥1且校正P <0.05标准筛选获得CD患者和健康样本之间的差异表达基因(DEGs)。DEGs和IRGs取交集获得炎症相关差异表达基因(IRDEGs)。对IRDEGs进行基因本体(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。利用Cytoscape软件的cytoHubba插件筛选确定关键IRDEGs。利用GSE66407和GSE179285数据集对CD组与健康对照组、炎症组及非炎症组关键IRDEGs的表达进行验证。结果 GSE193677数据集中ssGSEA分析表明,CD患者炎症细胞表达明显高于健康对照(P <0.001),免疫细胞中树突状细胞(P <0.001)、中性粒细胞(P <0.001)和巨噬细胞(P <0.05)水平等也明显上调。通过差异表达分析获得450个DEGs,其中378个上调,72个下调。将DEGs和IRGs (200个)取交集,获得24个IRDEGs。GO和KEGG富集分析显示IRDEGs在T细胞增殖、CXCR受体通路、丝氨酸蛋白抑制剂、IL-17信号等通路中显著富集。PPI分析和Cytoscape筛选确定了7个关键IRDEGs,包括IL1A、SELE、CXCL11、CSF3、CXCL9、CXCL10和CCL7。7个关键IRDEGs均在不同程度上与临床病情活动度呈正相关(均P <0.05)。验证结果显示,GSE66407数据集中,CD组和炎症组IL1A、SELE、CXCL11、CXCL9、CXCL10和CCL7表达均明显上调(均P <0.01);GSE179285数据集中,CD组SELE、CXCL11、CSF3、CXCL9、CXCL10和CCL7表达均高于健康对照组(均P <0.01),炎症组7个关键IRDEGs表达水平均高于非炎症组(均P <0.05)。结论 本研究明确了炎症相关基因在CD中的表达情况;确认了IL1A、SELE、CXCL11、CSF3、CXCL9、CXCL10和CCL7 7个关键IRDEGs,为CD的临床诊治提供了有利支持。
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