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针对直接序列扩频系统中的线性调频干扰，将短时傅里叶变换和分数阶傅里叶变换相结合，提出了在短时傅里叶域进行线性调频干扰参数粗估计而在分数阶傅里叶域进行精确估计，并根据线性调频干扰在分数阶傅里叶域形成的脉冲位置和强度自适应选择消波区间达到抑制线性调频干扰的目的。仿真实验表明，所提出的干扰抑制方法在干信比JSR〈40情况下，对线性调频干扰有很好的抑制作用，位错误率BER性能可改善10^3倍。