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云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所于2004年6月组建,其前身是云南省农业科学院生物技术研究所和云南省农业科学院农作物品种资源站,挂靠所内的有云南省农业生物技术重点实验室、农业部南方高原农业生物技术重点开放实验室、北京大学一云南省农业生物技术联合实验室、云南省农业科学院农作物品种资源站。