骨骼、肌肉系统

　　骨折 如果是外伤导致骨折或是怀疑骨折，首选X光，检查方便、费用相对低；如果不能明确诊断再选择CT。
　　关节 关节和脊柱等的骨质退变（老化）首选CT或磁共振。但如果是关节炎、关节肌肉、韧带损伤等首选磁共振。
　　骨骼肿瘤 若怀疑骨骼病变首选X光，方便、经济。观察骨质结构方面，磁共振稍弱，而传统X光空间分辨力高，能清晰观察骨小梁结构。如果是想进一步观察软组织和周边结构侵犯，可选择磁共振。

中枢神经系统

　　脑出血 首选CT，出血在CT上可清晰显示，而且检查速度快。
　　脑梗 为节约时间一般首选CT，但CT敏感性不如磁共振。磁共振在脑梗发病后数小时，便可反映出来。因此若CT检查未发现异常，在病情允许下，建议检查磁共振。
　　脑炎、脑膜炎、脑肿瘤、脊髓病变或脊柱病变影响到脊髓，这些炎症或是肿瘤类的疾病，磁共振优于CT。

头颈部

　　鼻窦 如鼻窦炎或鼻窦肿瘤等，首选CT。
　　耳部 中耳乳突首选CT。内耳可首选磁共振。
　　颈部 首选CT或磁共振。
　　甲状腺 首选超声和超声引导下的穿刺。如果要看是否有肿瘤侵犯或转移，可做CT及磁共振。

呼吸系统

　　排除肺部的早期肿瘤，或发现异常需要进一步确诊者，可选择CT。常规体检中X胸片，对肺癌早期筛查的意义不大。

消化系统

　　食管、胃 影像检查方法首选做食道吞钡检查，如果已明确有消化道肿瘤，建议补充CT检查，能观察消化道腔外病变。
　　小肠 小肠炎症或肿瘤可行小肠增强CT检查。小肠疾病检查中胃镜受限制，因为胃镜只能检查至十二指肠，无法到小肠，因此CT小肠造影是非常重要的手段。
　　结肠 临床首选肠镜，但影像学上钡剂灌肠检查可对肠镜有效补充，观察结肠整体轮廓与功能。
　　肝、胆、胰、脾 对体检病人超声是首选，如果明确或怀疑有问题的，建议CT或磁共振平扫+增强，来明确诊断。

泌尿系统

　　肾脏 建议CT和磁共振，怀疑有占位，补充增强。
　　输尿管、膀胱 怀疑输尿管、膀胱肿瘤，可考虑CT泌尿系统造影（CTU）。

循环系统（心脏、血管）

　　主动脉、颈动脉、冠状动脉、脑动脉、四肢动脉，首选血管CT成像（CTA），不仅无创，还能观察周围脏器的结构，实现一站式检查。

乳腺

　　根据不同情况可选择乳腺超声、X线钼靶摄影或磁共振动态增强检查。乳腺超声简便、便宜，但对乳腺癌的重要特征——微小钙化不敏感；乳腺钼靶X线摄影检查，是目前诊断乳腺疾病的首選和最简便、最可靠的无创性检测手段。