中医阴阳学说是中医经典理论体系中的关键与核心内容之一，对于理解人体的生理机能和病机过程以及中医药治疗疾病具有重要意义，然而如何使用现代科学语言对其进行解读和表征，长期以来是困扰中医发展和中西医结合的难题之一。鉴于近年来学术界逐渐发现人是由人体和共生微生物尤其是肠道菌群组成的“超级共生体”，且大量慢病与肠道菌群密切相关，提示数量众多、种类繁杂的人体共生微生物可能在病因病机传变过程中具有未曾预料到的重要作用。结合此前的新发现“饥饿源于菌群”以及“呼吸源于线粒体”的新理解，在对生命起源与进化、生物学、微生物学、医学（含中医、西医和中西医结合）等领域相关知识进行深度交叉融合和综合关联分析的基础上，以学术思考的方式提出“菌粒阴阳学说”，从肠道菌群在人体相对主“阴”（简称为“菌脑主阴”）、线粒体相对主“阳”（简称为“粒脑主阳”）以及“人体主和”（即人体调控阴阳平衡）的角度进行探讨，为理解中医阴阳学说提供新思路，有助于推动传统中医理论与现代生命科学的对接与融合，促进中西医结合学科的建设与发展。