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进入地下水的污染物有来自人类活动的,有来自自然过程的。工业废水和工业废物可使地下水中有机和无机化合物的浓度增加。农业施用的化肥和粪肥,会造成大范围的地下水硝酸盐含量增高。农药对地下水的污染较轻,且仅限于浅层。农业耕作活动可促进土壤有机物的氧化，如有机氮氧化为无机氮，随渗水进入地下水。天然的成水会使地下天然淡水受成水污染等。