番红花EST资源的SSR信息分析

来源 :广西植物 | 被引量 : 0次 | 上传用户：zhangtao707382332

【摘要】

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从NCBI公共数据库下载得到6745条番红花EST,通过前处理得到全长为612.01kb的无冗余EST1431条。在这些序列中搜索出108个SSR,分布于103条EST中,出现频率为7.55%。这些EST-SSR

【作者】

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陈国庆

【机构】

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湖北师范学院生命科学学院

【出处】

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广西植物

【发表日期】

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2011年1期

【关键词】

：

番红花药用植物 EST EST-SSR 微卫星 saffron crocus medicinal plants EST EST-SSR microsa

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从NCBI公共数据库下载得到6745条番红花EST,通过前处理得到全长为612.01kb的无冗余EST1431条。在这些序列中搜索出108个SSR,分布于103条EST中,出现频率为7.55%。这些EST-SSR的平均分布距离是5.67kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是番红花主要的重复类型,分别占总EST-SSR的30.56%和37.96%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸重复中的优势基元,分别占二、三核苷酸重复的66.67%和29.27%。本研究为番红花EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了

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