【摘 要】
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本研究利用广泛用于肠道感染机制研究的IPEC-J2细胞系探究poCRIP2在猪胃肠道炎症中的作用.在识别poCRIP2基因全长序列的基础上研究poCRIP2的有关特征,同时对其组织表达模式进行分析,并建立有效的poCRIP2三维结构模型以解释其功能,了解poCRIP2在细菌感染过程中的免疫作用及其与NF-κB通路的关系.采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术从猪心获得poCRIP2的全长序列;利用Primer Premier5.0和NCBI Primer BLAST程序设计了特异性引物对,采用保家基因
【机 构】
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广东华农高科生物药业有限公司,广州510642;华南农业大学生命科学学院广东省农业生物蛋白质功能与调控重点实验室,广州510642;华南农业大学兽医学院,广州510642
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本研究利用广泛用于肠道感染机制研究的IPEC-J2细胞系探究poCRIP2在猪胃肠道炎症中的作用.在识别poCRIP2基因全长序列的基础上研究poCRIP2的有关特征,同时对其组织表达模式进行分析,并建立有效的poCRIP2三维结构模型以解释其功能,了解poCRIP2在细菌感染过程中的免疫作用及其与NF-κB通路的关系.采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术从猪心获得poCRIP2的全长序列;利用Primer Premier5.0和NCBI Primer BLAST程序设计了特异性引物对,采用保家基因β-肌动蛋白(β-actin)对结果进行归一化处理,测试CRIP2基因在猪体内的组织分布;采用生物信息学方法对poCRIP2的特性进行分析,构建poCRIP2蛋白模型;利用RO-BETTA 服务器,以高度同源的小鼠 LIM-homeodomain protein islet 1(Isl1)(PDB:4 JCJ)为模板,模拟 poCRIP2的三维结构;用PROCHECK和ProSA对模型进行了分析;应用Procheck对蛋白质折叠进行立体化学和拓扑分析,并应用ProSA对蛋白质折叠进行评价;使用PyMOL程序对建模结果进行评估,分析poCRIP2的保守结构域;设计肠道感染试验,分析poCRIP2在肠道免疫中的功能.结果表明,从猪心获得的poCRIP2 cDNA全长序列为1 118 bp,poCRIP2蛋白与人和小鼠的同源性分别为94.23％和93.75％,它还含有两个保守区(LIM-TLP和LIM-CRP).poCRIP2的组织表达模式分析表明,poCRIP2在所有组织中均有表达,其中在小肠、肺、胃、脾和肌肉等中表达较低.poCRIP2在革兰阴性菌作用下的表达水平比对照组高1～2倍,但NF-κB通路在同一作用下被激活,无抑制作用,poCRIP2可能不与NF-κB通路相互作用,而与其它通路共同作用于肠道免疫.本研究成功获得了猪CRIP2基因的全长序列,poCRIP2的组织表达模式表明,poCRIP2与人CRIP2相似,建立了可靠的三维结构模型,基于该模型推测poCRIP2中包含的功能主要由β折叠和α-螺旋结构实现,革兰阴性菌感染肠道后poCRIP2能被显著上调,poCRIP2应不依赖于NF-κB通路,在肠道免疫中起其他作用.
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