山东小毛驴全基因组选择信号检测

来源 :河南农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：GYS876

【摘要】

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为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、

【作者】

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陈建兴童家兴张孝忠张向阳王宇鑫孙玉江

【机构】

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赤峰学院化学与生命科学学院,青岛农业大学动物科技学院,内蒙古东阿黑毛驴牧业有限公司,东阿阿胶股份有限公司,东营职业学院

【出处】

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河南农业科学

【发表日期】

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2021年2期

【关键词】

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山东小毛驴基因组重测序选择信号候选基因遗传分化系数 Shandong little donkey Whole-genome re-sequencing

【基金项目】

：

山东省农业良种工程重大课题(2013lz016,2017LZGC020,2017LZN022),山东省现代农业产业技术体系驴创新团队建设专项(SDAIT-27),山东省重点区域引进急需人才项目(2019-58),山东省农业重大应用技术创新项目(SD2019 XM 008),2019年乡村振兴重大专项(S190503110001-lcy),内蒙古自治区科技厅关键技术攻关计划项目(2019GG381)

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为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)方法检测山东小毛驴与其他驴群体间的选择信号,共找到39个落入选择信号区域的候选基因。与DZS群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是Fsip1、AHNAK2、CTAGE2、CYP3A1

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