发生在民国初年的那场科玄论战，许多人认为是科学主义战胜人文主义的一场论战。然而，著名中国思想史专家林毓生先生对此却别具只眼。他虽然在基本立场上比较倾向于玄学派，但却认为玄学派在许多关键问题上和科学派一样共享了“科学主义”预设，也就是说，科学主义不仅是参与论战的一方，在某种程度上还是论战双方的“缺省配置”，而且还是论战双方出现自相矛盾，学理存在缺陷的重要原因之一。而当时之所以流行科学主义，在根本上是由于学界对于科学方法和精神了解不足所致。时至今日，科学主义仍然是国内学界争论的热点问题，重读林毓生先生的相关著作，相信会帮助我们澄清一些流行的误解。
　　玄学派代表张君劢，坚持科学并不能解决人生观问题，反对无限制地滥用科学权威，本来是反对科学主义的。然而，林先生指出，张君劢在坚持人生观问题的相对独立性，维持道德自主性时，却极端地断定，人生观必定是主观的，完全属于个人的。这样一来，他原本想要捍卫精神和道德良心的价值，结果却适得其反。作为所谓玄学派的领袖人物，张君劢也很热心地希望能够捍卫儒家立场。但他却并未主张一种宗教哲学意义上的“实在之源”来作为精神和道德意识合法化的客观基础，而这本是儒家思想的基本传统。这一矛盾现象的根源在于，张君劢和当时的科学派一样，也接受了实证主义的观点，认为所有客观的对象和秩序都只属于科学研究的范围。因此，他想要捍卫道德价值的自主性，就只能主张主观和客观是完全割裂，绝对不可沟通的，最后在相关道德和价值领域只能被迫坚持相对主义。这样一来必然陷入自相矛盾，无法在科学主义的攻击之下全身而退。
　　林先生认为，相比玄学派，科学派一方的问题更大。科学派代表之一丁文江与张君劢一样把杰方思的《科学的原则》的论述作为科学方法的权威来援引，并且都认为归纳是科学的主要方法。可是，杰方思在书中明确表示，科学方法不是简单的归纳，而更主要的是在科学研究中建立假设的功能，是对于事实加以选择与解释，这种选择与解释受科学家在研究过程中带有预期性的理念影响很大。可见，丁文江对于杰方思的科学方法论最核心内容没有掌握。
　　在科学派内部，林毓生认为，作为科学家的丁文江由于熟悉科学实践，对科学方法使用所需要的条件以及科学方法的局限性了解较多，相对说来还算比较谨慎。倒是作为人文学者的胡适，由于对科学所知不多，反而把科学方法看得过分简单，过分夸大科学方法的重要性和适用范围，科学主义的倾向更加严重。
　　胡适将科学方法简单化为“大胆假设，小心求证”，实际上是对科学本质相当程度的误解和庸俗化。在研究的不同阶段，面对不同的研究境况，科学所需要的方法是不同的。企图总结出简单的公式是很不“科学”的。除了要不为旧说所束缚（即所谓“大胆假设”），严格遵循实证经验（即所谓“小心求证”）外，更重要的是要能够提出新的有价值问题，而这需要长期浸淫于科学相关范式，需要科学中的权威和传统潜移默化的指导。而这是胡适这样对科学实践缺乏了解的反传统主义者所难以理解的。
　　正因为胡适对于科学本质和方法了解甚少，所以他才能不满于当时其他科学派人物仅仅抽象肯定科学人生观的可能性，敢于白纸黑字地、自信满满地提出他的具体的“科学人生观”。可是，任何一位受过起码逻辑训练的人，都能立刻看出其“科学人生观”实际上是缺乏科学基础的，只不过是一组从前提推导不出结论的“推理”，是一些决定论、机械论的自然观、社会观与意志论的杂糅拼凑而已，其中充满了大量的事实与价值的混淆。
　　例如，胡适声称：“根据生物学及社会学的知识，知道……人类是不死的、不朽的。”这显然是无效的推理，是没有任何科学根据的狂想而己。然后，再推论说，“为全种万世而生活”就是最高的宗教，而替个人谋死后“天堂”、“净土”的宗教是自私自利的宗教。这种推理完全建立在胡适一厢情愿的个人偏见和偷换概念基础上，哪有什么逻辑的严格性可言？因此，林先生批评道，胡适一生总是强调思想清晰何等重要，也常常批评他人思维混乱，可是自己却陷入严重的思维混乱而不知。
　　胡适的“科学人生观”并无科学的可靠基础，却带有某种宗教的格调，这鲜明地反映了中国近代科学主义的一大特色，这就是试图以科学客观、可靠的权威来建立某种大一统的准宗教或者意识形态。这种以科学名义建立起来的准宗教或意识形态具有很强的封闭性和独断性，与中国现代化进程所迫切需要的宽容、多元、开放精神是完全背道而驰的。即使像胡适这样秉性温和、终生提倡自由主义的思想家，科学主义也严重地妨碍了他对中国传统文化的全面评价，对近代中国愈演愈烈的激进思潮的影响就更不用多说了。
　　科学主义在中国近代之所以如此流行，林毓生认为，其根本原因在于中国传统秩序的崩溃所产生的普遍的、极其严重的文化焦虑，迫切需要一种无所不包的意识形态安慰。而科学主义极其自信、乐观和武断的意识形态，在很大程度上替代和继承了传统文化有机一元论的宏大叙事，很能满足近代中国人的心理需要。因此，虽然在学理上难以成立，虽然同一时期国内学者有更深刻的认识，却依然以其简单而强有力的心理作用而获得广大知识分子尤其是青年学生的广泛认同。从这种角度看，中国近代以来流行的科学主义，和西方的科学主义是不尽相同的，具有其鲜明的“中国特色”，是中国长期以来政治权力－文化秩序结合的大一统结构的现代变形。唯一的变化不过是“独尊儒术”换成了“科学霸权”而已。
　　在21世纪的今天，中国的科学主义仍然甚嚣尘上。面临这一形势，仅仅在学理上批评科学主义在逻辑上、学理上的不足，虽仍然具有其不容否认的必要性，却远不具充分性。我个人觉得，林毓生先生所提倡的中国传统的创造性转化应该是很有启发性的思路。一方面，只有从中国悠久的文化传统中经重新阐释和解读，挖掘出既适应现代生活，又在民族性格和文化心理中具有深厚根源的文化资源，我们才能在传统的佑护和滋养之下创造新文明。另一方面，在多元化成为当今时代主旋律的今天，我们要努力挖掘传统文化中多元化的资源，借鉴和学习西方文化中多元传统之间保持一定张力的合理结构，避免中国文化传统中由于普遍王权长期统治所带来的一元化意识形态垄断精神世界的现象再次重现。
　　20世纪最伟大的自由主义者，无论是哈耶克、波兰尼，还是波普尔等都对科学方法有着很精深的研究，都异口同声地强调文化多元化的极端重要性，同时又都无一例外地一再强调自由主义文化的建设需要传统的支援。在经历了20世纪一波又一波的激进运动所带来的惨痛教训之后，我们还会将那种彻底否定传统的科学主义当作救世法宝吗？回顾上个世纪初期的“科玄论战”，我们应该超越科学主义的极端偏狭的眼界，以一种温情和尊重的态度来对待我们民族的传统。然而，这决不是玄学派简单的“反攻倒算”，不是要再打一场结局相反的新“科玄论战”，而是超越科学主义与玄学派双方共同的错误假定。民族的文化传统，不是被当作至高无上神圣不可侵犯的教条顶礼膜拜，而是作为中华民族文化发展的最切近的地方性文化资源，通过其与源于西方的文化传统的互动与张力，来确保我们不至于堕入一元化封闭的文化困境中去。只有这样，才是为我们今天的文化建设真正挖掘和充分利用了“科玄论战”的思想资源，才真正实现了科学派想要超越传统窠臼的理想，才真正实现了玄学派在学理上捍卫人类价值和道德尊严的理想。