利用2003-2013年东中西三大区域的数据,分析了财政转移支付对区域经济差距的调节作用,发现在财政转移支付制度影响下,人均固定资产投资形成资本量相比于人力资本、技术水平过多,资本边际产出递减。这使得原本经济发展就相对落后的地区缺少拉动经济长期增长的动力,即西部地区在接受较大规模的财政转移支付的条件下依然没有很好地促进经济产出。同时,通过实证检验得出财政转移支付制度本身会影响地方政府的财政努力,地区间的财政竞争会导致财政收入的不稳,进而影响到政府用于科教文卫等方面的支出规模。并且,地方政府对于转移支付资金的使用结构不合理,转移支付占地方政府支出或财政收入的比重越大,用于科技、教育等方面的投入比重越小。政府的财政选择并没有向拉动经济长期增长的新要素倾斜,原本经济落后地区未能在转移支付制度作用下缩小与发达地区的差距。因此,中央政府可考虑合理调整转移支付结构,构建具有正向激励机制的转移支付制度,并纠正地方政府在此制度下财政支出的结构性偏向问题。