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引入复折射率并利用特征矩阵法，研究了杂质的吸收对TE波和TM波缺陷模透射峰的影响。得出：杂质的消光系数对TE波和TM波的缺陷模透射峰都有显著的影响，但对TE波缺陷模的影响比对TM波缺陷模的影响更为明显。当消光系数一定时，TE波的缺陷模透射峰随入射角的增大而迅速减小，而TM波的缺陷模透射峰随入射角的增大而增大。利用这一特性可以设计光子晶体偏振滤波器。