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本文以创新质量与贡献为导向、以学科分类为基础、以“投入—产出”效率分析为主线,构建基础研究与应用基础研究类项目、技术与产品研发类项目以及应用示范类项目等三类科研活动绩效评价指标体系,通过采集2010—2017年教育部40所直属高等学校科技统计信息,利用DEA-Malmquist指数方法开展分类绩效评价实证研究,分析得出,各高校的科研活动绩效存在差距,而产生差距的主要因素为技术进步指标起着主导性作用,未来应重点加强技术创新与成果质量,以促进高校科研全要素生产效率提升。