目的 研究“十三五”时期（2016—2020年）我国中医医院卫生资源配置效率及其变化趋势，为进一步提高中医医院运行效率和服务能力提供参考。方法 采用数据包络分析（Data Envelopment Analysis, DEA）法中的BCC模型和Malmquist指数模型分别进行静态和动态分析。结果 2020年，全国中医医院综合效率的均值为0.827，中医医院生产效率为相对有效的地区仅有6个（占比为20%），中医医院生产效率无效的地区有20个（占比为67%）。2016—2020年全要素生产率变化指数均值为0.952，仅有1个地区的全要素生产率变化指数大于1。结论 2020年全国中医医院卫生资源配置效率不高，2016—2020年全国中医医院卫生资源配置效率总体呈现下降趋势，技术水平是影响效率提升的主要因素。政府部门应加大区域规划力度，结合不同地域的实际情况进行科学统筹，支持区域医疗中心和中医医联体建设。卫生健康行政部门应建立科学的考核评价体系。中医医院应完善内部精细化管理，开展中医优势专科和信息化建设，加强科技创新和人才队伍建设，全面提升医、教、研水平。