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秦岭植物区系组成相当丰富，有种子植物175科，1005属，3451种，本区含100种以上的大科有菊科、禾本科、蔷薇科、碟形花科、毛莨科、莎草科、唇形科、百合科和伞形科等9科，50－100种的有7科，这些科届大多为温带性质。本区有单型科6个，单型庆、少型属238个，形态上原始的类型及第三纪残遍植物多，加之复杂丰富的间断分布类型，一些中国古特有属以及古植物化石等证据，说明秦岭植物区系起源古老，主要成分是第三纪植物区系的后裔或残道。