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计算机会计系统的内部控制是指用不定期的措施，对会计系统的运行实施约束、调整、校正，以保证经营活动的合法性和会计记录的准确性，目的是使会计信息真实、可靠，提高企业的经营管理效率。电子计算机虽然没有改变内部控制的基本原则和目标，但对内部控制的方法和实现措施产生了重大影响，使得会计长期形成和一整套内部控制制度不少已经失效或不再适用。为此，在计算机会计系统中必须采取一系列新的措施，建立一套新的控制制度，以确保会计资料的准确、完整和安全。