目的:纵向比较2013、2017年度重庆市学校自建设施供水卫生状况,为拟定进一步工作重点和决策提供科学依据。方法:于2017年9月开始对重庆市内39个区县的农村学校自建设施供水状况进行全覆盖调查,并与2013年度检查结果进行比较。结果:至2017年9月,重庆市学校自建设施供水学校数已经由2013年度的1 049所下降至130所。与2013年度比较,2017年度重庆市农村自建设施供水学校在水源卫生防护措施覆盖率、卫生管理制度完善率、卫生管理人员覆盖率、消毒设施运转合格率、自建设施供水水处理率方面均有明显提高(P<0.01),但消毒设施运转合格率仅26.2%。结论:2017年重庆市农村学校自建设施供水卫生状况较2013年有显著改善,但供水设备消毒设施运转合格率仍较低,是今后监督检查工作的重点。