研究玉米自交系繁殖过程中保种圃建立的理论和株系性状的选择依据对自交系性状的保持、保纯以及杂交种特性保持具有重要意义。利用3个不同纯度水平玉米自交系连续自交3代,在SSR水平上和SNP水平上检测玉米纯合度,并在S₂和S₃调查田间性状。利用不同初始纯合度的自交系建立保种圃应自交的代数。不同株系在SSR分子检测具有一致性的前提下,在SNP水平上仍然存在较高的杂合度,随初始纯合度升高自交纯合的效率减低,选择初始纯度高的材料有利于后代遗传位点的快速纯合。在田间选择自交系时,根据性状稳定性并结合自交代数依次进行。首先依据较易稳定纯合的群体目测性状;其次,数量性状中,果穗长、果穗直径、雄穗一级侧枝数、穗行数等可作为第二类依据的性状;最后,在自交高代选择穗位高/株高、行粒数、叶长、叶宽等较难稳定的性状。