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针对相干光正交频分复用(CO-OFDM)系统中光纤的色散、信道噪声以及激光器相位噪声对系统可靠性的降低,提出了相位噪声分析补偿(APNC,analysis of phase noise compensation)的信道估计算法。APNC算法以最小二乘(LS)算法为基础,先通过信道冲激响应加窗(IRW)算法,将信道冲激响应长度以外的噪声滤除,保证了信道冲激响应长度在OFDM保护间隔之内;再通过CO-OFDM系统相位噪声模型的分析,对信道冲激响应长度以内的相位噪声进行补偿,进一步提高信道估计的准确性。仿真结果表明,在256个子载波的CO-OFDM系统中,APNC算法的复乘次数在IRW算法的基础上仅提高0.125倍,在误码率(BER)为10-4时,APNC算法对系统光信噪比(OSNR)的要求比IRW算法低了将近0.5dB。