用邻位相连法方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域

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目的为进一步确定HIV-1M组基因分型的最佳区域。方法从Genbank中筛选出对各成熟肽区域有注释来源,来自于不同国家地区的104条HIV-1M组全基因组序列。对序列的结构区域gag区、pol区、env区及env的亚区域gp41和gpl20分别建邻位相连(NJ)系统进化树。结果pol区未能把D亚型和B亚型分开;gag区未把K亚型和F亚型分开;env区能对HIV-1M组正确分型;env的亚区域gp41未能把K亚型与H和F亚型分开,J亚型未与A亚型分开。env的亚区域gpl20未能把J亚型与A1亚型分开。结论
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