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人类肠道内存在数以亿计的微生物,他们及其代谢产物共同维持着人类肠道内稳态,参与机体代谢及免疫保护功能。目前研究的大多数消化系统疾病都与肠道微生物的异常紧密相关,并且随着益生菌制剂以及粪菌移植技术在消化系统疾病治疗方面的备受青睐,肠道微生物已经成为了现代研究的一个热点和难点。文章就与肠道微生物相关的消化系统疾病进行综述,并且简要介绍粪菌移植及部分中药在调节肠道微生态方面的功效。