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本文在前人关于系统结构有序度计算研究的基础上,从分析复杂系统结构入手,引用矩阵工具,建立了“要素～结构”的关系矩阵、长度矩阵和负熵矩阵。在考虑各要素和各种关系的重要程度的基础上,提出权重矩阵、修改长度矩阵和复杂系统结构分析的递阶逐层算法。最后,结合苏、美两国国防统帅机构有效性分析,给出了本文算法的具体应用。